Das Praktikum bietet Einblick in Datenbanken, Informationsportale, die Angebote der wichtigsten Bioinformatik-Zentren, Alignment von Sequenzen, phylogenetische Analysen, Identifikation von Proteinfunktionen mit Profilen und Pattern, und stellt Open-Source-Ressourcen für den Umgang mit Sequenzen, Strukturen und Daten der funktionellen Genomik (Microarrays, Proteomics, Pathways) vor.
Während des Praktikums werden wir einen Bioinformatik-Arbeitsplatz mit MySQL-Datenbanken (WAMP), der Programmiersprache Perl und den BioPerl-Paketen, der Molekularbiologie-Software EMBOSS und einem NCBI BLAST-Alignment-Server konfigurieren. Nach einer Einführung in Perl und der Verwendung regulärer Ausdrücke zur Suche von Mustern sowie in die Datenbank-Abfragesprache SQL werden Perl-Skripte zum Abfragen und Updaten von MySQL-Datenbanken (z.B. humanes Proteom), der Bedienung des lokalen BLAST-Servers und der EMBOSS-Programme erstellt.
Zur Erzeugung von Proteinstruktur-Animationen werden Rasmol-Skripte mit Perl erzeugt. Proteinstruktur-Datenbanken, die Visualisierung von Proteinstrukturen sowie die Homologie-Modellierung mit Swissmodel werden vorgestellt.
Internet-Ressourcen, EMBOSS-Programme und R/Bioconductor-Pakete für die Analyse von Daten der funktionellen Genomik (Microarrays, 2D, MS) und von Stoffwechsel- und Signalwegen (CellDesigner, Systems Biology Workbench) werden eingeführt.

Voraussetzung: Vordiplom Biologie oder Biochemie, Bioinformatik-Grundkenntnisse

Der jeweils nach dem Sommersemester stattfindende Kurs "Bioinformatics II: Tools for Functional Genomics" ergänzt diesen Kurs mit ausführlicher Behandlung von Tools für Functional Genomics und Systembiologie.

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