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Naturwissenschaftliche
Fakultät
Center for Plant Molecular Biology (ZMBP) - Plant Biochemistry
Bioinformatics II: Basic Tools and Resources
Praktikum für Biochemiker und Biologen

Wintersemester 2011/2012
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Veranstalter: Priv.-Doz. Dr. Josef Maier
Termin: Endgültige Vereinbarung bei der Vorbesprechung
Optionale Installation Do, 23.2., Kurs Fr-So, 24.2.-26.2.2012, 9-17 Uhr s.t.
Vorbesprechung: Donnerstag, 20.10.2011, 19 Uhr c.t.
Seminarraum II (Nordhalle) des IFIB, Hoppe-Seyler-Str. 4
Ort: Bioinformatik-Computerraum des IFIB, 2. OG, SO-Ecke
An-/Abmeldung: erwünscht via E-Mail an klaus.moeschel@uni-tuebingen.de und josef.maier@uni-tuebingen.de
 

Inhalt

Das Praktikum bietet mit Vorträgen, Anleitungen und Übungen Einblicke in Datenbanken, Internet- Server und Software wichtiger Bioinformatikzentren. Ressourcen für Literatur, Nukleotid- und Proteinsequenzen, strukturelle und Omics-Daten werden vorgestellt. Wir üben Datenabfragen, Sequenzalignments, die funktionelle Annotation mit Profilen und Mustern, Visualisierung von Strukturen und die Analyse von Daten der funktionellen Genomik. (Transkriptomik, Proteomik, biochemische Netzwerkmodelle). Wissensbasierte Ontologien können dabei Datenabfragen unterstützen.
Open-Source Programme (Programmiersprache Perl, lokaler Webserver Apache/PHP, Molekularbiologie-Software Suite EMBOSS, lokale BLAST-Installation) und Datenbanken (MySQL) werden installiert und für die Auswertung biologischer Daten konfiguriert. Nach einer Einführung in Perl und die Datenbank-Abfragesprache SQL werden Perl-Programme zum Abfragen und Aktualisieren von Daten des humanen Proteoms verwendet. Perl Programme verbinden dabei Datenbanken und Internetserver (Interpro Scan) und Datenbanken (NCBI PubMed, RCBS PDB Strukturen) bieten Programmierschnittstellen an (REST, SOAP), welche wir mit Perl Programmen in Auswerteabläufe einbauen können, die viele Daten auf einmal analysieren. Ein Ausblick auf die Analyse von Daten der funktionellen Genomik (u.a. Programmiersprache R) beendet den Kurs.

Voraussetzung: Bioinformatische und biochemische Grundkenntnisse

Der jeweils nach dem Sommersemester stattfindende Kurs "Bioinformatics II: Tools for Functional Genomics" erweitert diesen Kurs mit Werkzeugen für Functional Genomics und Systembiologie und einer Einführung in die Programmiersprache R.

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Nachfragen an  Josef Maier josef.maier@uni-tuebingen.de

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