Die funktionelle Genomik integriert Daten über Gene, Proteine, Interaktionen, Metabolite und Stoffwechselreaktionen für die Funktionsaufklärung von Genen, Genprodukten, Signal- und Soffwechselwegen.
Vorgestellt werden frei verfügbare Internet-Ressourcen, Datenbanken und Bioinformatik-Software zur Gewinnung und Auswertung der Daten. Dazu werden wir einen Arbeitsplatz aufbauen, der aus der Datenbank MySQL, der Programmiersprache Perl (mit BioPerl-Paketen), dem Softwarepaket EMBOSS, dem Grafik/Statistikpaket R und seiner für die Funktionelle Genomik entwickelten Erweiterung Bioconductor besteht. Perl und R-Programme organisieren automatisierte Eingabe/Ausgabe-Workflows zwischen den EMBOSS-Programmen, MySQL-Datenbanken, Internet- Webservern, Excel-Tabellen oder PDF-Dokumenten. Genomische Daten in selbst erstellten MySQLDatenbanken erlauben vollen Zugang zu allen Daten und komplexes Data Mining.
EMBOSS bietet vielfältige Unterstützung zur Nucleinsäure- und Proteinanalyse, R und Bioconductor erlauben die umfangreiche statistische Auswertung und die graphisch qualitativ hochwertige Ausgabe der Daten. Damit lassen sich z.B. Microarray-Expressionsdaten analysieren, statistisch bewerten und mit weiteren Daten verknüpfen.
Die Systems Biology Workbench und CellDesigner ermöglichen die Konstruktion von Modellen und die Simulation von Signal- und metabolischen Netzwerken und ermöglichen damit z.B. die Vorhersage der Wirkungen einer Geninaktivierung oder veränderter Reaktionskonstanten.

Voraussetzung: Bioinformatische und biochemische Grundkenntnisse.
Im Winterhalbjahr findet ergänzend das Praktikum "Bioinformatics 2 - Basic Tools and Resources" statt.

 Diese Ankündigung als pdf-file
 Vorläufiger Zeitplan als pdf-file
 Installationsprotokolle der verwendeten Programme (PDFs in ZIP-File)
 Liste von Internet-Links zu diesem Kurs
 Bookmark-Datei zur Liste von Internet-Links für Internet Explorer 7
 Bookmark-Datei zur Liste von Internet-Links für Firefox und Internet Explorer > 7
 Buch-Tipps zu diesem Kurs