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Auf der Morgenstelle 5,  D-72076 Tübingen
 
Prof. Dr. Thorsten Nürnberger
Bioinformatics II: Tools for Functional Genomics
Praktikum für Biochemiker und Biologen


Sommersemester 2011

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Veranstalter:

Priv.-Doz. Dr. Josef Maier
Termin: (Do) Fr-So, (4.8./) 5.8. - 7.8.2011
(evtl. Terminänderung bei Vorbesprechung)
Optional Installation am Do, Blockveranstaltung Fr-So, jeweils 9-17 Uhr
Vorbesprechung: Donnerstag, 19.5.2011, 19 Uhr c.t.
Seminarraum II (Nordhalle) des IFIB, Hoppe-Seyler-Str. 4
Ort: Bioinformatik-Computerraum des IFIB, 2. OG, SO-Ecke
Voranmeldung: erwünscht via E-Mail an klaus.moeschel@uni-tuebingen.de und josef.maier@uni-tuebingen.de
 

Inhalt

Die funktionelle Genomik integriert Daten über Gene, Proteine, Interaktionen, Metabolite und Stoffwechselreaktionen für die Funktionsaufklärung von Genen, Genprodukten, Signal- und Soffwechselwegen.
Vorgestellt werden frei verfügbare Internet-Ressourcen, Datenbanken und Bioinformatik-Software zur Gewinnung und Auswertung der Daten. Dazu werden wir einen Arbeitsplatz aufbauen, der aus der Datenbank MySQL, der Programmiersprache Perl (mit BioPerl-Paketen), dem Softwarepaket EMBOSS, dem Grafik/Statistikpaket R und seiner für die Funktionelle Genomik entwickelten Erweiterung Bioconductor besteht. Perl und R-Programme organisieren automatisierte Eingabe/Ausgabe-Workflows zwischen den EMBOSS-Programmen, MySQL-Datenbanken, Internet- Webservern, Excel-Tabellen oder PDF-Dokumenten. Genomische Daten in selbst erstellten MySQLDatenbanken erlauben vollen Zugang zu allen Daten und komplexes Data Mining.
EMBOSS bietet vielfältige Unterstützung zur Nucleinsäure- und Proteinanalyse, R und Bioconductor erlauben die umfangreiche statistische Auswertung und die graphisch qualitativ hochwertige Ausgabe der Daten. Damit lassen sich z.B. Microarray-Expressionsdaten analysieren, statistisch bewerten und mit weiteren Daten verknüpfen.
Die Systems Biology Workbench und CellDesigner ermöglichen die Konstruktion von Modellen und die Simulation von Signal- und metabolischen Netzwerken und ermöglichen damit z.B. die Vorhersage der Wirkungen einer Geninaktivierung oder veränderter Reaktionskonstanten.

Voraussetzung: Bioinformatische und biochemische Grundkenntnisse.
Im Winterhalbjahr findet ergänzend das Praktikum "Bioinformatics 2 - Basic Tools and Resources" statt.

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Bioinformatik-Linkliste

Nachfragen an  Josef Maier josef.maier@uni-tuebingen.de


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